Defenders of Ekron est un shoot'em up où vous jouez Eneas, un jeune homme qui s'est entraîné toute sa vie pour piloter son Anakim. Ce dernier est un être avancé capable d'absorber et de transformer l'énergie en une capacité spéciale. Mais quelque chose tourne mal pendant son développement et Eneas se retrouve pris dans une guerre civile.