Etat profond est une nouvelle aventure en huit missions où les joueurs devront collaborer avec le célèbre protagoniste de Splinter Cell, Sam Fisher. Les Ghosts se mettent à la poursuite du mystérieux Stratège pour retrouver un de leur camarade disparu. Cet épisode inclus de nouveaux équipements, deux nouvelles classes(Echelon et ingénieur) ainsi que du contenu JCJ.