L'histoire débute près d'un pin mystérieux au col d'une montagne, où un samouraï au cœur tendre décide de se rendre sur une terre interdite afin de sauver la fille d'un forgeron endetté qui a été enlevée. Katanakami est un action RPG de type hack-and-slash, avec des donjons générés de manière procédurale.