Galaxy Express 999 sur Playstation est adapté du célèbre manga de Leiji Matsumoto. Vous y incarnez Tetsurô Hoshino, un jeune garçon qui a vu sa mère se faire tuer par le comte mécanique, un cyborg qui chasse les humains pour le plaisir. Dans sa quête de vengeance, il rencontre Maetel, une fille mystérieuse, qui lui offre un billet de train spatial pour la galaxie Andromède. Là-bas, il pourra obtenir un corps robotisé gratuitement, ce qui lui permettrait de venger sa mère.