Space Battleship Yamato est basé sur le célèbre anime japonais "Uchû Senkan Yamato", et plus particulièrement sur la seconde partie de la série (1978). Il s'agit d'un jeu de stratégie où le joueur déplace son vaisseau au tour par tour. En 2201, un an après le retour victorieux de Yamoto de la planète Iscandar, la Terre reçoit l'étrange SOS d'une prisonnière de l'empire Comète. Le Gouvernement terrestre ne voulant pas croire son histoire, Yamoto décide de désobéir pour la secourir.