Les 80 niveaux de Downstream Panic! ont pour but de guider un banc de poissons vers l'océan qu'ils ont quitté suite à une gigantesque raz-de-marée. En contrôlant les éléments, le joueur fait avancer sa troupe et tente de la protéger des dangers qui les guettent (mouettes, orques, anguilles, requins, etc).