Schoolgirl Zombie Hunter est un shooter à la troisième personne, situé dans le même monde que Onechanbara. L'histoire commence lorsque les cinq héroïnes se retrouvent piégés au sein de leur école, l'Institut Kirisaku, par des hordes de zombies. Il vous appartiendra de mener le combat, avec la flopée d'armes mises à votre disposition, afin de réussir à vous enfuir de cet enfer.