Dans Lost Ember, vous incarnez un loup cherchant à connaître sa place dans le monde. Ce qui vous amène vers Machu Kila, une cité qui est censé répondre aux questions du loup. Lors de cette quête, vous découvrez les secrets d’une civilisation disparue. Vous pouvez en contrôler chaque animaux offrant des nouvelles possibilités de gameplay : voler, plonger, creuser, escalader...