Bob l'Eponge et ses Amis : L'Ultime Alliance sur DS est un jeu d'action et de plates-formes auquel ont été ajouté quelques éléments de réflexion. Pour faire face à la menace que représente l'infâme Globulous, Bob l'Eponge et ses amis doivent s'unir aux méchants des différentes séries Nickelodeon et traverser cinq mondes tortueux en combinant leurs capacités. Le joueur peut ainsi explorer des endroits tels que Retroville ou Bikini Bottom puis s'employer à résoudre de nombreuses petites énigmes.