Dans ce jeu d'aventure et de combat japonais, le joueur incarne Negi Springfield, une institutrice en quête de sa classe de jeunes filles disparues lors d'une promenade en forêt. Les combats contre les forces démoniaques mêlent stratégie et temps réel. De nombreux costumes et pouvoirs magiques peuvent être utilisés pour faciliter et changer le cours des combats. En plus du jeu principal, Negima : Chou Mahora Taisen Chuu inclut des mini-jeux ainsi qu'un quiz sur la série.