Toujours entouré de ses robots de combat, le Dr Wily menace de nouveau la tranquillité de la planète. Pour contrer ses plans, Mega Man doit enfiler son armure et botter l'arrière-train métallique de tous les ennemis. Si Mega Man : Dr. Wily's Revenge est le premier volet de la série à être sorti sur Gameboy il est désormais disponible sur 3DS, le gameplay reste centré autour de l'action/plates-formes et sur l'acquisition de nouveaux pouvoirs en battant les robots.