Puzzle Bobble Mini sur Neo Geo Pocket Color est un puzzle-game. Le jeu est très proche de Puzzle Bobble 2 sorti quelques années auparavant en arcade et sur Neo-Geo MVS. Il propose trois modes de jeux : un mode basique où le but est de terminer le puzzle présenté le plus rapidement possible, un affrontement contre différents ordinateurs ou un autre joueur via câble link, et un mode survivant.