Ninja Commando sur Neo Geo est un beat'em all dans lequel le joueur commande trois guerriers aux styles particuliers. Sept niveaux durant, parcourez les 4 coins du globe et neutralisez le "destructeur" avant qu'il ne parvienne à transformer la planète en champ de bataille. Chaque personnage possède une technique normale et une technique mortelle qui doit être utilisée avec parcimonie car elle fait descendre sa barre d'énergie.