Dans Yoshi's Cookie sur Gameboy, Yoshi et Mario travaillent dans une usine à gâteaux. A chaque niveau, vous avez un nombre égal de rangées et de colonnes de cookies qu'il faut déplacer afin d'aligner les gâteaux. Plus vous progressez, plus le nombre de colonnes et de rangées augmente et plus le jeu est rapide. Dans le mode deux joueurs, vous avez le choix entre Mario, Yoshi, la Princesse et Bowser qui ont tous des caractéristiques différentes.