Y'avait une vidéo qui parlait de l'animation jap en anglais mais je l'ai plus en lien 
Cependant non les animes sont plus fait à la main dans la majorité et d'ailleurs la 3d se mélange de plus en plus aujourd'hui de manière plus ou moins évidente. Après sur logiciel t'as le choix, soit tu fais tout manuellement en ayant des passages clefs (je me souviens plus le nom spécifique) souvent fait au traditionnel d'ailleurs, c'est des brouillons généralement avec des couleurs différentes pour différencier le personnage, le décors, et les zones ombres/lumières, après c'est les mecs qui vont bosser ça sur ordi pour reproduire la scène avec des intervallistes qui eux s'occupent de faire les dessin entre chacun de ces brouillons pour que ce soit plus fluide.
Après y'a une seconde méthode je sais pas si elle est utilisée, mais avec des logiciels comme ceux de Celsys ou anime studio et ToonBoom (ça c'est surtout sur les série occidentales, comme Archer par exemple) tu peux utiliser un système de "bones", qui fait que tu dessines les parties du corps et ensuite tu peux les bouger un peu comme un pantin ou un personnage 3d. Ça t'évite donc de devoir faire appel aux intervallistes.
T'as aussi moyen de faire ça sur des logiciels vectoriel comme DrawPlus ou Flash (Wakfu est fait sur Flash ainsi que de nombreux cartoon network) voir même sur des logiciels 3d, South Park par exemple est fait via Maya, seul le premier épisode a été fait traditionnellement avec des découpages de cartons.
Mais je pense que la méthode ordi + intervalliste doit être la principale aujourd'hui.