Pour le coup des Métroïdes, il me semble que c'est expliqué dans les rapports de pirate que tu analyses. Ils ont en effet rapporté des Métroïdes depuis Zebes et font "revenir" l'espèce.
Après, je ne sais pas quel site affirme que Super Metroid se passe après les Prime, mais son auteur n'a probablement pas été attentif en jouant aux Prime