Salut MarshallBM3,
La chimie comme toutes les sciences évolue et répond aux questions posées à la fois par la théorie mais aussi par l’expérience, donc parfois on énonce une théorie qu’on confirme par l’expérience, et parfois l’expérience donne des résultats inattendus, et dans ce cas on répète l’expérience et explore les différents paramètres, ce qui permet parfois d’aboutir sur des nouveaux concepts.
Dans tous les cas, lorsqu’on publie des résultats, on les tourne de manière à d’abord exposer une théorie qui est ensuite vérifiée expérimentalement, histoire de proposer un tout cohérent.
Toujours est-il que tous les concepts que tu évoques (ions, atomes), ont été établis il y a longtemps, et de nos jours les challenges de la chimie organique sont avant tout la synthèse et caractérisation de nouvelles molécules, et la recherche des nouvelles voies de synthèses pour faciliter ou améliorer l’élaboration de nouvelles molécules.
Bien qu’on ne puisse pas facilement « voir » des atomes, il existe de nombreuses méthodes de caractérisations bien établies qui permettent de déterminer avec précision la structure moléculaire des composés synthétisés (entre autre les plus utilisées de nos jours sont la résonance magnétique nucléaire (RMN), la spectroscopie de masse, et lorsque c’est possible la cristallographie par rayons X, une recherche wikipédia de ces méthodes te donnera plus d’indications).
Voilà, j’espère que ça répond à tes questions. 