Contraignant au niveau upgrade et pas le plus silencieux des formats si tu veux de bonnes perfs.
T'es limité niveau refroidissement dans la plupart des boîtiers mATX et rien que les 2-3 cables apparents sont une contrainte pour la circulation d'air, pareil pour le stockage, d'habitude c'est max 2-3 emplacements 2'5 et 1 emplacement 3'5, j'aime bien recycler d'anciens disques durs en tant que stockage 
Après t'as des boîtiers ATX pas encombrants, comme le H500i que j'avais jusqu'il n'y a pas longtemps, changé pour un Fractal S2/R6, beaucoup plus grand et imposant, ma Radeon VII souffrait dans le NZXT, jusqu'à 105° t'junction, dans le Fractal, 95° t'junction maximale, après c'est aussi du fait que le h500i n'a que 4 emplacements pour ventilos 2x120mm et 2x140mm, le S2/R6 a 9 emplacements 140mm don't 3 sur le dessus et 2 sur le dessous, ce que le h500i n'avait pas, autre gamme de prix aussi disons vu qu'un h500 sans les leds coûte dans les 90€ et le S2/R6 coûte environ 150€ 
Niveau bruit, même en ayant + de ventilos dans mon S2, il reste moins bruyant que le h500i, les ventilateurs tournent à 50% et c'est suffisant pour tout garder au frais même en stress test, alors que dans le h500i, il fallait faire monter les ventilos beaucoup plus haut pour garder le tout au frais.
Si t'as vraiment pas de place, go mATX, si t'en as assez (ce qui est mon cas depuis que je me suis bricolé un nouveau bureau), go ATX standard.
Après ça depend des configs et de l'intensité de l'usage, disons qu'un mec qui veut mettre une 2060 et un R5 2600 n'a pas les mêmes besoins de refroidissement que mon 1800x à 4Ghz et une Radeon VII qui font office de chauffage en pleine charge 