C'est parce que tu appuies sur le mauvais bouton, si tu appuies sur l'icone avec WAV tu auras forcement du .wav. Il faut utiliser le bouton juste en dessous, celui avec "CMP" sur l'icone pour qu'il rip + compresse. Il sera peut être nécessaire de configurer 2/3 trucs avant.
Pour être sur d'avoir du .flac et pas autre chose, relance "configuration wizard" et à un moment tu pourras choisir .flac. sinon dans "Compression option", onglet "external compression" vérifie que tu es bien en .flac, que le bitrate soit bien sélectionner (768 bb/s donne en général le meilleurs compromis), que high quality soit bien sélectionner. Tu peux aussi cocher "delete WAV after compression" pour éviter de le faire manuellement après.