Je n'ai jamais vu un système pour voir les trucs en 3D, moi je prend une feuille, je mesure selon les dimensions données et je m'adapte. Au niveau des Cartes mères, ATX c'est universel en général, les CG aussi en théorie (adapté ATX, mini ATX, ...) et pour le watercooling si ton boitier a un emplacement pour ça (pour un radiateur de 240mm, ... selon les dimensions) tu es bon.
L'idée d'utiliser des modèles 3D me parait compliqué comme truc, c'est quasiment mieux de lire les termes ATX et "rad", "fan" ou "mm" dans les spécifications de ta carte mère et de ton boitier.