Le chipset et le format de la CM c'est deux choses différentes. Le Chipset détermine les fonctionnalités et les connectiques maximale supporté par la CM, le format essaye de les intégrer.
Entre du Mini ITX et du ATX tu aura pas mal de différences, entre du ATX et MicroATX t'aura juste une coupe sur la partie basse de la CM, donc moins de port PCI/PCIE.