En gros le plus important c'est le refroidissement du processeur. J'imagine que tu as un 4770k ou un 4790k. C'est 88W de TDP à dissiper.
Là où tu branches le 8 pins CPU (le câble qui vient de l'alim et qui va en haut à gauche de la carte mère et qui sert à alimenter le CPU) il y a du 12V. Or le processeur demande une tension très précise et très faible (de l'ordre de 1V) et elle doit être très stable et ajustable à 0.001V près. Et ajustable dynamiquement et très rapidement.
Pour convertir le 12V grossier (l'alim peut varier, par exemple je sais que en charge mon alim donne du 11.5V alors qu'en idle elle donne 11.75V) il y a les VRM, ils sont cachés sous des gros radiateurs près du CPU :
http://media.ldlc.com/ld/products/00/01/57/16/LD0001571698_2.jpg
Là où il y a marqué Ranger et aussi l'autre radiateur au dessus du CPU quand la carte mère est verticale.
Ils dissipent de la chaleur mais pas grand chose par rapport à un processeur, les radiateurs qui sont mis sur la carte mère son suffisants.
Il y a aussi le SouthBridge (ou chipset mais c'est un abus de langage). Il est caché sous le radiateur avec le logo ROG en bas à droite de la carte mère quand on la regarde verticalement.
Il dissipe aussi de la chaleur mais pas grand chose par rapport au processeur, il me semble qu'il dissipe un truc genre 6W, c'est rien.
Donc si tu veux watercooler, fais le sur le processeur.
Pareil pour le watercooling de ram, ça sert à rien.