Ok merci pour la réponse. En tout cas MSI conseille d'installer deux cartes graphiques identiques et bizarrement ils conseilles des MSI 
Sinon, tu as mis à jour le bios de tes cartes graphiques? J'ai du le faire sur ma GTX 980.
Dans le manuel de ta carte mère, ils décrivent le click bios 4 pour configurer ton bios.
Une des parties correspond aux ports PCIE x16.

Bon, je m'y connais pas vraiment, mais peut-être tu dois activé un paramètre dans ton bios pour que le sli fonctionne. C qui serait bizarre, vu que c'est sensé fonctionner tout de suite.
T'es pas le seul à avoir des problèmes pour activer le sli avec deux GTX 980.
La seule solution que j'ai trouvé c'est de réinstaller windows pour que ça fonctionne.
http://forums.evga.com/SLI-not-working-with-my-new-GTX-980-SC-ACX-20-cards-m2242676.aspx