Bon, j'ai averti dans le titre.
La doctrine officielle est que c'est Sephiroth qui controle Jenova.
Mais il y a deux choses qui me gênent.
Premièrement, c'est Sephiroth qui est un produit de Jenova, et non le contraire.
Donc, la logique voudrait que ce soit Jenova qui controle ses propres cellules, et non qu'un ersatz d'elle-même la controle.
Selon la logique du jeu, "le sous-produit controle l'original", alors Clad pourrait potentiellement être en mesure de controler Sephioth et Jenova, ce dont il n'est jamais question...
Deuxièmement, le but de Sephiroth est d'absorber l'énergie de la Planète, pour devenir un dieu...
Mais un dieu qui règnerait sur quoi ?
Sur un monde mort, comme le démontre Bugenhagen dans son planetarium quand on absorbe la Mako ?
Quel intérêt ?
Pour Kuja et à la limite Ultimecia je pourrais le comprendre, mais pour Sephiroth ?
Il irait alors de planète en planète, pour faire la même chose ?
Ca ne vous rappelle pas une certaine alien au grand coeur et au cerveau ouvert ?

Je me demande donc si ce n'est pas Jenova la réelle instigatrice.
Voici ma théorie.
Elle reconnait la surpuissance de Sephiroth, et son lien avec lui, quand ce dernier la découvre au réacteur, donc quand ils sont à proximité.
Peut être même encore avant, quand Sephiroth observe le caisson contenant un monstre créé grâce aux cellules de Jenova ; si Jenova a tout controle sur ses dérivés, alors elle a très bien pu croiser le regard de Sephiroth par l'intermédiaire des yeux du monstre.
Ce serait elle qui commanderait à Sephiroth de lui trancher la tête pour qu'une partie de son corps soit toujours avec lui, afin de pouvoir le controler en permanence grâce à cette proximité.
Son plan initial serait que Sephiroth l'emmène au Cratère, afin de voir si elle pourrait finir ce qu'elle y avait commencé (bien que la Cratère soit en train de cicatriser d'après Ifalna, il y a toujours accès à la Rivière de la vie, comme on le voit à la fin du jeu).
Bon la faille ici, c'est pourquoi n'aurait elle pas demandé à être libérée en entier, et pas juste la tête...
Après que Clad ait tué Sephiroth, ce dernier et la tête de Jenova tombent dans la Rivière de la vie, et acquièrent les connaissances que l'on sait sur l'existence de la Materia Noire...
Bien sur, la tête a toujours le controle sur le reste du corps, ce qui explique les évènements du Batiment Shinra, et sur les hommes en noir grâce aux cellules, et donc aussi sur Clad.
Et bien sur, le corps a toujours ses pouvoirs de transformation, on ne remet pas ça en doute.
Mais Jenova, n'étant pas une descendante des Cetras, contrairement aux humains (les Cetras se sont divisés en "sédentaires humains de base" et en "nomades humains entendant la Planète" d'après Ifalna si je me souviens bien, mais les deux peuvent utiliser la Materia), ne peut pas utiliser la matéria, et a donc besoin d'un humain, puissant de succroit, ce qu'est Sephiroth, pour activer la Materia Noire.
Cette théorie ne remet pas en cause le besoin d'une tierce personne pour acquérir la Materia Noire, Jenova seule ne pouvant pas le faire (elle a eu de la chance que Cait Sith existe, je ne vois pas qui se serait sacrifié sinon , c'est son deuxième coup de chance après la création de Sephiroth, sinon elle aurait peut être du se contenter des monstres du réacteur de Nibelheim ).

Donc, pour la plupart des gens, Sephiroth est l'instigateur, il sait qu'il vient de Jenova, il lui coupe la tête sans raison particulière, puis il tombe dans la Rivière de la vie et devient surpuissant, puis il manipule tout le monde, humains et extra terrestre, pour devenir encore plus surpuissant, au risque de régner sur du vide au final.

Pour moi, c'est plutot Jenova qui utilise son fils, au départ comme moyen de transport, ensuite comme déclencheur d'un météore qu'elle a l'habitude d'utiliser, pour absorber l'énergie de la planète.

Reste la toute fin du jeu : c'est Jenova qui protège Sephiroth, et non le contraire...
Donc, réaction logique : c'est parce que Sephiroth ordonne à Jenova de le protéger, donc Sephiroth est le patron.
Mais, autre façon de voir les choses : Jenova protège sa seule chance de pouvoir atteindre son objectif ; si Sephiroth meurt, Holy sera relaché, et le Météore sera repoussé, donc elle sera seule contre les héros et avec seulement un afflux "normal" de Mako, ne lui permettant pas de survivre contre les héros...
Donc, Jenova ne protège pas son chef hiérarchique, elle protège sa seule chance de survie.
Cela expliquerait d'ailleurs la transformation de Sephiroth en dieu uniquement après la mort de Jenova Synthèse, alors qu'il aurait très bien pu le faire avant.
On aurait donc quelque chose comme "Sephiroth ? C'est ta mère. Maintenant que je suis morte, je ne peux plus absorber la Mako, alors absorbe-la toi même, et deviens un dieu, fais toi plaisir".
Bien sur, le contre argument "Sephiroth = grand méchant" est "il reste sous sa forme normale pour que les héros puissent apprécier sa transformation sous leurs yeux", afin de les terroriser, ce qui est un classique tout à fait recevable.

Je n'ai joué qu'au jeu de base, donc je ne sais pas si d'autres jeux donnent des précisions.