Je bosse un peu dessus depuis quelques temps, ya pas mal de tuto sur Youtube, mais le plus gros viens en cherchant soit même.
Perso j'utilise Illustrator pour des "Sprites" et After Effect pour animer le tout. Si jamais quelqu'un à des questions je peux un peu l'éclairer sur le sujet même si ça fait peu de temps que je m'intéresse aussi à ce style.
Ah pour les couleurs j'ai ça qui peut en aider certains : http://www.flatdesigncolors.com/