Personnellement je recommande plutôt de bosser sur le triangle en TSL plutôt que le carré, c'est plus simple pour se repérer niveau luminosité entre le gris et la couleur, d'avoir +/- une correspondance.
Parfois je fais en nuances de gris parfois la couleur direct, en fait ça dépend des gens mais je trouve que commencer par le gris est une mauvaise idée sur le long terme car les couleurs restent plus ternes, de plus les couleurs changent ta luminosité donc t'auras pas forcément la même perception finale et faudra revenir dessus quand même. Ce que je veux dire par là c'est que tu prends un rouge 100% et un Jaune 100%, le jaune sera une couleur claire (si tu convertis ta colo final en nuances de gris ce sera plus flagrant), donc tu appliqueras des couleurs qui changeront ta luminosité en plus de celle que tu avais à la base.
Personnellement je suis beaucoup plus à l'aise en commençant directement par la couleur mais ça nécessite d'avoir pas mal travaillé dessus, les nuances de gris tu as juste à te préoccuper de la luminosité, les couleurs tu as les harmonies de couleurs à gérer, leur luminosité, leur saturation... bref beaucoup de paramètres à prendre en compte.
Après certaines choses sont plus pratiques en jouant directement sur la couleur, suivant ton style de colo tu peux justement jouer sur la saturation des couleurs, à force tu sauras lesquelles choisir directement (ou en tâtonnant légèrement). Par exemple si tu es dans un style assez réaliste tu auras des couleurs saturée près de la lumière, mais dé-saturées dans l'ombre, et parfois en partant des nuances de gris la saturation est plus chiante à régler.
Bon après je dis ça mais je suis loin d'être un pro de la couleur et à en connaitre toutes les subtilités, après ça dépend des gens, chacun à sa manière de procéder perso je préfère la couleur direct je m'en sors mieux mais c'est plus compliqué à gérer i t'as pas l'habitude. Après je joue aussi beaucoup avec les effets de calques/brush, notamment les fusions soft/hard light, Glow Dodge et Color Burn, les équivalents photoshop doivent être lumière crue/tamisée, linéaire et densité couleur+, l'overlay aussi pour les textures.
Le soft/hard light c'est pour saturer les couleurs, genre si tu passes 2 couleurs opposées (rouge et bleu par exemple) en mode normal tu risque d'avoir des gris colorés, avec ces modes de fusion ça se mélangera de façon plus saturée.
Glow Dodge c'est pour les lumières fortes ou néon, ça marche surtout avec les brushes légèrement flous car ça te fait un dégradé, à ne pas trop abuser car ça sature énormément et ça peut ressortir énormément.
Color Burn je le fais pour saturer des zone très sombre et noires.
-------
En revanche même si tu travailles directement en couleur je te conseil de vérifier de temps à autre ton illustration en la passant en nuance de gris, si tu as réussi ta colo (peu importe le style) la version grise sera impeccable, si certaines zones contraste trop en clair ou sombre alors c'est qu'il faut revenir sur tes couleurs.
Concernant les calques c'est pareil ça dépend de chacun, certaines illustrations (généralement celles où j'ai un lineart épuré) j'ai tendance à faire un élément ou une couche = un calque, pour d'autres je fais tout sur un calque principal et quelques calques à effets de lumières, parfois un ou deux calques supplémentaires pour des bijoux sur un personnage ou des trucs dont je suis pas sûr, ainsi qu'un pour le fond/décor.
L'avantage c'est que pour choisir tes couleurs, les appliquer et modifier tes formes générales c'est plus simple, l'inconvénient (et l'avantage des calques) c'est que tu peux moins bien modifier certains éléments superposés (les bijoux dont je parlais, les cheveux sur le corps etc). Mais faut s'y retrouver et pas se planter car c'est vite arriver de bosser sur le mauvais calque...
Là aussi ça dépendra de ton expérience et de ta manière de faire, y'a pas de meilleur ou moins bon, faut trouver celui qui te plaît le plus et que tu trouves le plus simple à gérer en restant efficace. Toutefois si tu bosses sur un calque il est recommandé de bosser avec des sélections, comme je l'ai dit le problème c'est les éléments superposés, ça te rendra la colo moins éprouvantes en revenant sans cesse à affiner les détails entre deux éléments superposés.
J'aurais tendance à dire que les mecs qui commencent en noir et blanc utilisent généralement très peu de calque et les fusionnent entre eux au fur et à mesure, mais généralement les effets de lumières (naturel, néon, magie etc...), texture ou choses particulières de ce genre on les mets sur d'autres calques, à moins de rester dans du speed painting et/ou être sûr de soi, car si tu veux revenir dessus c'est pas évident et tu dois tout reprendre.
Bref tout ça pour dire : à toi de pratiquer, chaque méthode à ses avantages et inconvénients et y'en a pas de meilleurs que d'autres, tu verras des gars très bons ou très mauvais dans tous les cas. Peu importe la manière il faudra pratiquer pour réussir à l'assimiler voir à créer des variantes. Concernant la couleur je te conseil de toute façon de faire les deux, apprendre facilement la luminosité en gris, et apprendre la couleur de son côté aussi. La couleur c'est vraiment un domaine fascinant mais très long à comprendre, les harmonies, la luminosité, la saturation... ce sont des choses relativement complexes, ou du moins longues à apprendre, car y'a une partie théorique très importante et une grande partie "feeling". C'est aussi dur à gérer que le dessin en lui même.
Je rajouterai aussi personnellement je n'ai jamais utilisé les nuanciers, ça me force maintenant à être vigilant et à bien choisir mes couleurs par rapport aux autres utilisées, à une époque je prenais grosso modo des couleurs équivalents mais souvent je choisissais mal : trop saturée, trop claire, trop dans le rouge, trop dans le vert etc...
Maintenant j'arrive à être beaucoup plus juste et ça permets d'avoir un peu plus de légère variation (légère hein, à peine perceptible), ce qui d'une certaine manière est un peu plus réaliste je trouve.
Aussi niveau conseil hésite pas à utiliser la pipette, j'avais tendance à la négliger au départ mais c'est très utile aussi.
Si tu le peux bosse aussi sur 2 écrans, un ou tu vois ton dessin en entier, et un autre ou tu zoom/dézoom dessus en faisant ta colo (utile aussi pour le dessin en lui même), histoire d'avoir toujours un aperçu global et de vérifier si ta couleur s'intègre bien au reste et qu'elle est similaire dans son traitement sur les mêmes éléments (par exemple que ton bras gauche soit fait de la même manière que le bras droit, pas que tu te retrouves avec un bras jaune et un rose alors que l'éclairage de la scène est identique).
Voilou voilou, désolé si je m'exprime mal, et pour certaines longueurs ^^'