Bon bas je crois qu'il te faut sortir ton animation sous after effect en images png pour pouvoir avoir la transparence. Pour ça il faut que tu ailles dans composition
Save frame as.
Tu auras ta séquence en plusieurs png. Ensuite sous premiere importe les images et avant de les mettre sur le montage, sélectionne toutes tes images pour modifier la durée à 0,03 seconde à peut près (ou 0,02) si tu le fais sur la partie montage n'oublie pas de cocher propager la modification (ou la durée je sais plus) histoire qu"il n'y ai pas de décalage entre les image.
Sinon attend d'autres avis tout de même, peut être que quelqu'un d'autre a une solution moins pénible 