Voilà j'ai du mal à comprendre comment fonctionne nodeJS.

Par exemple, comment je dois faire en nodeJS pour faire l'équivalent de ca en HTML/PHP:

<?php if($is_ouvert): ?>
<div class="alert alert-success">Le magasin est ouvert</div>
<?php else: ?>
<div class="alert alert-danger">Le magasin est fermé</div>
<?php endif ?>

Tu dois d'abord créer un serveur, et ensuite envoyer ta réponse, tu n'as pas directement un langage de templating ni de serveur par défault. Tu es "plus bas niveau" qu'avec PHP ici.

Un exemple avec le serveur HTTP de Node et EJS, qui est un langage de templating "populaire".
Pour quelque chose qui doit aller en production, tu devrais voir du côté des frameworks du côté de Adonis, Fastify, et voir Express si tu veux même si je le conseille pas. Adonis est ce qui se rapproche le plus d'un expérience comme Symfony/Laravel.

const { createServer } = require('node:http');
const ejs = require('ejs');

const ejsContent = `  
    <% if(isTrue){ %>
      <div class="alert alert-success">Le magasin est ouvert</div>
    <% } else { %>
      <div class="alert alert-danger">Le magasin est fermé</div>
    <% } %>
`;

const app = createServer();


app.on('request', (req, res) => res.end(ejs.render(ejsContent, { isTrue: true })));

app.listen(8000, 'localhost', () => console.log('Start on http://localhost:8000'));

EDIT: N'oublie pas d'init un projet node et d'installer EJS avec un "npm install ejs" pour pouvoir l'utiliser dans ton code.