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Chaines d'interactions en Python

Amniote63
Amniote63
Niveau 1
22 mai 2019 à 23:08:14

Bonjour tout le monde,

Je dois créer des chaines d'interaction de protéines (composés de 10 proteines)

Pour ce faire, j'ai crée un dictionnaire sous cette forme:

Protein 1 = protein2, protein5, protein6 (la protéine 1 peut intéragir avec la protéine 2 ou 5 ou 6).
Protein 2 = protein1, protein7, protein8 (la proteine 2 peut interagir avec la protéine 1, 7 ou 8).
...
Protein 7 = protein34, protein43
...
Protein 43= protein 74, protein 76

ect...(j'ai plus de 20000 proteines)

Je dois au final avoir toutes les possibilités de chaines d'interactions composées de 10 protéines, par exemple:

P1 P2 P7 P43 P74 ...
ou bien P1 P5...
P1 P6...
P2 P1 ...
P2 P7 P34 ...

Je n'ai aucune idée de comment coder un algorithme pour cela, pouvez vous m'aider ?

merci à vous

NeuroShitical
NeuroShitical
Niveau 9
23 mai 2019 à 19:59:39

Dans ce genre de cas tu pourrais plutôt utiliser une structure de graphe, ou une structure plus adaptée du moins
Il y a des bibliothèques/modules en python, je te laisse en chercher sur google. igraph en est un

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