Tiens c'est marrant j'ai parlé des BTS avec un de mes enseignants y a quelques jours.
Il me disait que normalement, il ne prenait pas de BTS en licence 3 sauf dans de rares cas avec des étudiants avec une très bonne moyenne. Cela semble être ton cas donc ça peut jouer en ta faveur, d'autant plus que tu as des lettres de recommandation. Si tu as moyen d'avoir contact directement avec les responsables tu peux leur expliquer ton cas.
J'ai un ami cette année qui venait justement de BTS et il s'est retrouvé 3ème de promo (alors qu'on était une promo d'assez bon niveau). Après c'était un très bon élève et très travailleur.
De ce que je vois de ton programme, il n'y a pas l'air d'avoir beaucoup de matières théoriques. La complexité et la logique ne sont pas vraiment des maths à proprement parlé et je pense que c'est tout à fait abordable, à condition de bosser dessus (notamment la complexité).
Enfin voilà, bonne chance en tout cas. 