J'ai un projet web dont j'aimerais qu'il ait un minimum de sécurité.
Pour tester la sécurité, j'essaie de modifier mon site de l'extérieur et j'ai réussis à lui envoyer une injection SQL et une injection JavaScript sans problème.
Comment fait-on pour se défendre de ses deux types de manipulations?
Est-ce qu'il existe une ressource (comme un livre) regroupant toutes les failles possibles et les solutions pour s'en défendre?

Tu peux déjà faire un tour sur ce lien pour avoir une idée des failles les plus courantes :

https://www.owasp.org/index.php/Top_10_2013-Top_10

Pour la XSS : https://www.owasp.org/index.php/XSS_(Cross_Site_Scripting)_Prevention_Cheat_Sheet
Pour la SQL : https://www.owasp.org/index.php/SQL_Injection_Prevention_Cheat_Sheet

Comme tu peux le voir, tout vient du même site, tu devrais trouver des infos intéressantes

C'est surtout du "bon-sens".

Il faut que tu prennes le temps de te demander pourquoi est-ce tu peux faire ces injections puis tenter de les contourner. Alors oui, ton code sera sûrement "sale" mais c'est le meilleur moyen pour t'exercer, comprendre et vraiment progresser sur le sujet.