Gradle permet de limiter l'espace disque sur le repo, de pouvoir mettre à jour rapidement et facilement.
Mettre dans le dossier lib permet de compiler sans internet (pas de récupération de la bibliothèque) et permet de conserver la bibliothèque au cas où celle-ci serait supprimée des repos.
De mon point de vue : y'a pas de meilleure manière de faire, juste des contraintes et des besoins.
Je partirai sur Gradle dans la très grande majorité des cas, et je me garderai de côté le besoin en local.