Pas si tu sépares le système de ses paquets 
C'est le cas chez BSD par exemple où le noyau et l'espace utilisateur ne peuvent pas être mis à jour depuis le gestionnaire de paquet. Les logiciels quant à eux sont installés dans un préfixe séparé du système de base. Par défaut :
/usr/local chez FreeBSD, OpenBSD et DragonflyBSD
/usr/pkg chez NetBSD
Ainsi tu peux avoir plusieurs préfixes pour des paquets de versions différentes (genre avoir les paquets stable et current en même temps).
Le truc c'est que GNU/Linux ne le fait pas ça.
Ça n'est pas un avantage ou un inconvénient en soit, il suffit juste de connaître les besoins de l'utilisateur pour qu'il puisse choisir laquelle des deux méthodes il préfère.
J'ai un vague souvenir de la méthode préfixe chez GNU/Linux mais ça remonte à tellement loin...