1) Dois-je utiliser la même version de GCC/GCJ que celle qui est présente dans les dépots de CentOS ?
A priori tu n'es pas obligé de compiler avec le même compilateur à la version près, par contre assure-toi que l'autre compilo supporte la version de Java utilisée (par exemple si c'est du Java 8... vérifie les capacités du compilateur)
2) Est ce que compiler binutils et la libC/C++ de la machine cible (la même version ?), suffira à rendre le programme compatible ?
Je vois difficilement comment tu peux avoir de gros écarts entre les deux machines sur ce plan-là. Enfin remarque je n'y connais rien en numérotation de versions CentOS donc 5.11 ça veut peut être dire "super vieux"
Pour la 3 je passe mon tour.
Mais dans tout ça, tu as essayé quelque chose et tu as eu des erreurs ou pas encore?