Salut,
Oui c'est surement possible mais ça va être du hack tout pourri 
Il faut que tu te fasse deux fichiers de conf pour Alsa en fait.
De mémoire, c'est le fichier alsa-base.conf qui t'intéresse.
Ensuite, pour lancer les logiciels avec les nouveaux paramètres audio, je dirais que des scripts Bash qui interchangent tes alsa-base.conf et qui relancent tout le serveur Alsa avant de lancer l'application, paraît être une bonne idée.
Cela va sans dire que j'ai jamais testé çà 
Mais ça te donne déjà des pistes de réflexion.