Quand tu te demandes qui a applaudi tu ne poses pas la question qui permet de déterminer s'il y a cod ou pas. Un cod est un complément de l'action du verbe, et jamais un contrôleur de l'action de ce verbe.
"Ils ont applaudi le pape pour son discours." Ils ont applaudi qui ? Le pape.
Tu vois que le pronom interrogatif vient après le verbe quand tu poses la question et pas avant. La question que tu te poses sert à trouver le sujet.
Dans de rares cas, le sujet et le cod peuvent désigner la même personne, on dit qu'ils sont co-référents, ca arrive dans les phrases réflexives. Ils se sont applaudis. Ils et se désignent les mêmes personnes logiquement. Mais grammaticalement ils est toujours sujet et se toujours objet.