Bonjour,
Ce qui différencie les éditions c'est l'ordre et le classement des fragments. Chaque maison d'édition à son spécialiste et un ordre spécifique. Pour une édition un peu ancienne mais avec les commentaires de Brunschvig tu peux voir chez GF, ce sera une approche plus philosophique par contre.
Pour une version plus littéraire, la version folio est pas mal. Sinon dans Les Classiques jaunes garnier, tu as les Pensées et d'autres textes qui sont à mon avis d'une certaine importance pour comprendre Pascal. Il existe aussi une vieille édition des Oeuvres complètes chez Seuil en grand format mais sans note et maintenant trouvable uniquement en occassion.
Sinon si tu veux procéder par thème ou concept tu peux aussi voir sur http://www.penseesdepascal.fr . C'est le site qui regroupe l'édition faite sur les manuscrits originaux, tu peux cherche par thèmes et voir les fragments scannés sur le manuscrit ainsi que les fragments connexes.
Si jamais tu es vraiment intéressé par Pascal, je conseille aussi le livre de Sellier, Pascal et Saint Augustin, très intéressant ou le Pascal de Mesnard chez Desclée de Brouwer.