Salut,
Pour faire simple, un tome de la citadelle des ombres contient plusieurs tomes (3 tomes la plupart du temps) de l'assassin royal. Un tome de l'arche des ombres contient 3 tomes des aventuriers de la mer.
Ne lis surtout pas les synopsis sur les liens que je vais te proposer afin de ne pas te faire spoiler. Fais simplement défiler la page afin d'obtenir le visuel des couvertures de chaque éditions. 
La citadelle des ombres, tome 1, contient les 3 premiers tomes de l’assassin royal.
http://www.livraddict.com/biblio/book.php?id=581
La citadelle des ombres, tome 2, contient les tomes 4,5,6 de l'assassin royal.
http://www.livraddict.com/biblio/book.php?id=583
Une fois que tu as lu les 6 premiers tomes de l'assassin royal (ou les 2 premiers tomes de la citadelle des ombres), il est conseillé de lire les 9 tomes des aventuriers de la mer (ou les 3 tomes de l'arche des ombres).
Le tome 1 de l'arche des ombres contient les 3 premiers tomes des aventuriers de la mer :
http://www.livraddict.com/biblio/book.php?id=597
Le tome 2 de l'arche des ombres contient les tomes 4,5,6 des aventuriers de la mer :
http://www.livraddict.com/biblio/book.php?id=599
Le tome 3 de l'arche des ombres contient les tomes 7,8,9 des aventuriers de la mer :
http://www.livraddict.com/biblio/book.php?id=601
A NOTER QUE LE TOME 3 DE L'ARCHE DES OMBRES N'EST PAS DISPONIBLE CHEZ J'AI LU.
Une fois que tu as lu les 6 premiers tomes de l'assassin royal / 2 premiers de la citadelle des ombres, puis les 9 tomes des aventuriers de la mer / 3 tomes de l'arche des ombres, tu peux basculer sur les derniers tomes de l'assassin royal / citadelle des ombres.
Tome 3 citadelle des ombres (tomes 7,8,9 de l'assassin royal) :
http://www.livraddict.com/biblio/book.php?id=587
Tome 4 de la citadelle des ombres (tomes 10,11,12,13 de l'assassin royal)
http://www.livraddict.com/biblio/book.php?id=592