Apparemment les marques bloques les format, en gros je ne peux pas lire un livre amazon sur une liseuse fnac si j'ai bien compris.
Plus que les formats, tu dois faire attention aux DRM. La présence ou non de DRM est écrite dans la description du livre. Hormis les DRM, qui limiteront le nombre de machine pouvant utiliser le livre, il n'y a aucune problème au niveau de la source car les conversions se font très facilement avec Calibre (par exemple)...
Donc les livres ePub qu'on peut trouver sur internet, sur T4** ou autre site, ne sont pas fonctionnel avec toutes les liseuses ? 
Même pour ceux là. De toute façon, Calibre procède à une conversion automatique suivant l'appareil détecté (pas sûr, mais j'ai ouï dire que si).
Et comment on transfert un livre téléchargé sur internet à la liseuse, la manip est compliqué ou ça reste très simple ? 
Tellement simple que ma grand-mère de 90 l'a fait une fois.
J'ai peur d'investir la dedans et au final de pouvoir lire un livre sur deux à cause des protections
On a tous peur d'investir dans ce que l'on ne connait pas. C'est normal, mais tu verras que c'est très simple au final. 
Okay. Vous conseillez une marque plutôt qu'une autre ou ça se vaut du coup? 
Franchement, le marché des liseuses est très compétitif (et dans le bon sens), alors entre les grandes marques que sont Amazon, Kobo, Booken, Nook, PocketBook t'as le choix. D'après les retours, le PocketBook Touch Lux 3 est la meilleure liseuse du moment (Avec le Kobo Glo HD et le Kindle Voyage). Les Kindles d'amazon sont sympa si tu lis en Anglais pour profiter des offres qu'ils font.
Personnellement j'ai une Kobo Aura et j'en suis satisfait.