Que ce soit clair pour tout le monde 
Exclusivités de la version Wii U :
- Mode défi
- Multijoueur
- Glitch des rubis
- Niveau 255 maximum
Exclusivités de la version 3DS :
- Jardin des Fées
- Scénario de Linkle et celui de Wind Waker
- Les nouvelles cartes aventures à venir
- Possibilité de changer de personnage en cours de partie
- Les statues de hiboux pour se téléporter dans une carte
- Rang "DX" pour les armes
- Niveau 99 maximum
- Deux nouveaux boss : Roi Cuirasse et Fantôme de Ganon, tous deux issus de Wind Waker
- Deux nouvelles cartes : Une basée sur le Temple du Vent et le Temple de la Terre de Wind Waker et une autre sur la Forteresse Maudite, Mercantîle et l'Île du Dragon également de Wind Waker
- Nouveaux ennemis : Petit Blin de Wind Waker, Gros Blin de Spirit Tracks et un Gros Blin avec un casque.
- Deux nouveaux objets : Un ocarina pour se téléporter près des statues de hiboux et une masse pour activer de gros interrupteurs
Les personnages, armes et la comptabilité Amiibo sont communs aux deux versions.
Dites-moi si j'ai oublié un truc 