Si c'est bien sur PC que tu joues, essaie d'éditer le fichier "gameinfo.json" qui se trouve dans ton dossier de sauvegarde. Le chemin est le suivant :
Steam\SteamApps\common\Subnautica\SNAppData\SavedGames\ Le slot qui correspond (ex : slot0001)
Dans le fichier en question que tu peux éditer avec notepad, tu devrais voir écrit ceci :
"cyclopsPresent":true
Si c'est "false" à la place de "true", c'est de là que vient le problème. 