Bonjour à toutes et tous 
Bon c'est en réalité avec beaucoup de retard que je me suis intéressé à la question et aussi, parce que je vois une tripotée de personnes en difficulté et/ou à la rencontre de petits problèmes techniques (et d'esthétiques). Alors il se trouve que chaque update majeure apporte son lot de contraintes et bon bref, il est vivement conseillé de recréer une partie. Le truc c'est que ça passe ou ça casse et c'est bien normal puisqu'il s'agit d'une alpha.
Personnellement je me suis contraint de recommencer de zéro après la Prawn Update espérant être tranquille pour les deux autres prochaines Majs. Sauf qu'en fait non, le rendu souffre encore d'aléas et même de chargements à rallonge freezant complétement le jeu. Encore une fois c'est bien normal puisque c'est une alpha et en ce qui me concerne je suis sur la version stable.
Sur une ancienne sauvegarde (à laquelle j'avais du renoncer) qui a duré de Mai à Aout, c'était déjà la fête du slip et le vide intersidéral sur la Map. En gros la faune se faisait rare, les iles de la map étaient complétement pétées, plus aucun Reaper Leviathan pour casser l'ennui, etc. Évidemment ça lag aussi de ouf donc j'étais plus à ça près de faire table rase. Mais bon j'ai quand même préféré creuser la question, puis je suis tombé sur une vidéo d'IGP ("The" Indie Game Promotor) qui expliquait comment jouer à une ancienne sauvegarde après une Maj : https://www.youtube.com/watch?v=r97PcLuThHg
- - -
Pour la faire encore plus courte (lol), sur PC bien entendu comme indiqué dans le titre, faut bidouiller son dossier de saves, se munir notamment de NotePad++ et d'un peu de patience. Localisez tout d'abord votre sauvegarde concernée, "Slot0001" ce que vous voulez, chacun ayant sa sauvegarde là où le jeu lui a foutu, donc surtout ne pas se tromper. Au pire zieutez le dossier "Screenshots" si vous aviez fait des photos en jeu, ça peut aider pour différencier les saves.
Où trouver les saves ? Rien de plus simple, suivre le chemin ci dessous :
Steam\SteamApps\common\Subnautica\SNAppData\SavedGames
Eventuellement vous pouvez faire une copie de la sauvegarde au cas où.
/!\ Petite précision pour la suite : si vous aviez déjà chargé votre ancienne save avec la dernière Maj en date, passez directement à l'étape 2. 
- - -
- Etape 1 : IGP précise qu'il faut changer la version du jeu en éditant le fichier "Gameinfo.json" qui se trouve dans le dossier de la sauvegarde concernée. En gros si votre sauvegarde est en v32415 et que le jeu est sup depuis la dernière Maj, il faut tromper le jeu en indiquant la version actuelle comme montré par IGP à l'aide de NotePad++.
Que faire ensuite ? Il faut relancer le jeu et charger la sauvegarde concernée. Le message indiquant l'update ne s'affichera plus et la partie se lancera normalement. Pourquoi suivre cette procédure ? Et bien en fait ce n'est pas obligatoire, disons que ça évite de subir les changements de terrains et de retrouver sa ou ses bases ensevelies dans le décor. Perso j'ai fait les Majs par dessus donc j'ai du m'amuser à terraformer autour de mes bases pendant une bonne demie heure. Donc si le mal est déjà fait c'est pas bien grave, ce sera juste plus chiant.
- Etape 2 : En jeu il faudra appuyer sur F1 et noter les nombres de la ligne "Camera Batch", qui se présentent comme ceci "00.00.00" (par exemple 18.12.18). Ses nombres correspondent à des coordonnées dans l'espace et il vous faudra noter celle qui correspondent à votre ou vos bases. Donc il faut pas hésiter à faire le tour de la propriété pour ne pas les louper, il peut y en voir plusieurs surtout si vos bases s'étalent sur une dizaine de fondations.
Une fois toutes ses "coordonnées" notées, il n'y a plus qu'à effacer tous les fichiers batch dans le dossier de votre sauvegarde exceptés ceux comprenant les coordonnées que vous aurez noté. A faire aussi dans les deux dossiers "Cache". Une fois fait, il n'y a plus qu'à relancer la partie de nouveau. Le jeu complétera le dossier de sauvegarde avec les fichiers manquants et donc ajoutera (proprement cette fois) l'environnement du jeu avec tout ce qu'il contient et ce sans toucher aux zones que vous aurez préservé. Rebonjour les Bleeders disséminés partout dans les biomes, les rôdeurs, les ReefBack, les CrabSnakes dans la Cave Zone et les Reapers Leviathan près de l'Aurora, de l'ile à l'est et au Nord des biomes champignons. Tout sera de nouveau vivant et bien sûr les ressources et les contenants auront respawn. Concernant les BluePrints et les fragments tout est nickel aussi.
- - -
Personnellement (mais je suis certains que c'est une coïncidence) j'ai eu quelques autres problèmes réglés, comme la construction du Cyclops bloquée, le fait de ne plus pouvoir ramasser la baie des véhicules ou encore l'inventaire qui s'ouvrait dans le Seamoth. En revanche j'ai toujours le bug des couteaux indestructibles et des gros lags à certains endroit mais le reste est impeccable. Etant donné que j'avais 3 bases bien aménagées et bien remplies ça me soulage en quelques sorte. De plus les iles ne sont plus pétées et les nouveaux biomes sont bien mieux mis à jour. 