Pour moi c'est le subconscient d'Elliot qui se réveille, et qui envoie des signaux au Mastermind qui commence à se rendre compte du poto rose.
Un parallèle que j'aime bien c'est avec matrix: quand quelqu'un se rend compte que ça cloche et qu'il n'est pas dans le monde réel, les agents s'en prennent à lui pour protéger la Matrice.