Le problème, c'est qu'il existe, dans chaque faction, tout un tas de quêtes que tu peux faire (et répéter, pour certaines) sans créer d'inimitiés rédhibitoires avec les autres factions, et pour "simplifier" le tout, elles ne dépendent pas de la "quête principale" (Sole Survivor against, or with, the Institute).
En clair, tu peux continuer sur certaines factions plus longtemps que sur d'autres, avant qu'un choix de quête crée un nouvel ennemi...Perso, je slalom sur les différentes histoires, en évitant la quête "impardonnable", ce qui fait que je peux rester plus longtemps dans une dualité de factions "Miliciens/CdA", que "CdA/Rail", par exemple...Bref, il me faut une save pour les Miliciens (mon choix préférentiel parce que le moins contraignant), une save pour le Rail (dès qu'il y a conflit avec la CdA, mais PAS avec les Miliciens), et ainsi de suite, en gardant à l'esprit que si tu décides de go Institut, les synths deviennent amicaux, ce qui génère l'animosité de la CdA...Bonjour le casse-tête: c'est plus F4, c'est Rubik cube 4! 
D'où ma save unique, à la fin d'Institutionalized...Mais là, on cause que de la quête principale et celles des factions, mais si on prend en compte l'additionnel (Automatron, Nuka-World, Far Harbor...), c'est rapé: pour éviter d'avoir à rejouer un reroll depuis le début, faut te taper TOUTES les Add-on quests, en sachant qu'il existe un ordre, et que Bethesda DETESTE qu'on suive pas le chemin balisé de ses "Open-worlds"! Et qu'il se venge en te collant quelques bugs des familles si tu t'obstines à vouloir passer par la fenêtre!
Exemple de merdier: tu sors du frigo, tu vas direct à Boston te faire de la thune et de l'xp, t'embrayes, niveau 10, sur Automatron, tu génères l'arrivée de la CdA, tu go CdA, puis tu te prends des vacances à Far Harbor, en laissant la gamine de côté, tu trouves les synths, t'en causes à Maxson, qui nuke Far Harbor, et bye bye la mégachiée de quêtes...Si ton PC a pas explosé avant!
Et je te cause même pas de RP...Parce que, sauf à refaire exactement le même perso, si tu te concentres sur le Homing, ou sur la création d'une simili-faction (les Hell's Angels Cats of Mercy, au hasard...), t'auras, forcément, des choix différents, et ce, dès le début.
Ceci dit, et à la relecture, je reconnais avoir dévié quelque peu de la question initiale... 