Tu as l'air déjà expérimenté sur le jeu, je ne suis pas sûr d'être de conseils utiles, d'autant que je n'y connais rien en mods. Pour ma part, je joue on va dire un sniper silencieux (lvl99), enfin j'essaie... ^^ Evidemment la discrétion sur le jeu est foireuse donc ça reste merdique mais bon... arrivé à mon niveau et ayant fini l'histoire, ça n'a plus vraiment d'importance.
1- Je ne prends pas d'armure
2- J'ai arrêté les compagnons
3- J'utilise des armes snipers longue distance et silencieuse (cal. 50 ou 308)
4- Je dois avoir toutes les perks en dommage à distance et SAV et discrétion
5- J'utilise le mode SAV pour one shot en mode critique (pleine tête)
6- je me mets souvent en mode accroupi
7- J'ai un élément d'armure légendaire 'invisible' (pas mal quand même, même si t'es vite repéré quand tu bouges)
8- Evidemment j'ai toujours une arme de courte distance à gros dégâts au cas où, car ça se termine le plus souvent par du bourrinage. 
De toute façon, à partir du moment ou le simple fait de passer dans la rue (en marchant tranquille) te fait repérer par les ennemis à travers les murs ou les étages... tu comprends que tu ne pourras jamais jouer correctement le mode infiltration. 
Mais le gros problème reste la difficulté du one-shot. Même avec mes perks, je ne pourrai jamais one-shot un Super-Mutant ou Artilleur de niveau supérieur (j'ai plus les noms exact en tête) et dès lors que tu ne one shot pas, toute la zone est en alerte et ta discrétion est foutue (à moins de rester planqué quelque part un bon moment).
Si tu veux absolument jouer la discrétion, je pense que c'est mort. Peut-être en jouant que du corps-à-corps style commando avec des 'éxécutions' par derrière mais j'y crois pas...
N.B.: tant que tu as [attention] d'affiché, c'est que les ennemis sont en alertes mais que tu n'es pas encore repéré, le mieux est de ne plus bouger jusqu'à ce que la situation redevienne normale.