C'est surement lié oui...
Il faut comprendre que quand tu modifies Codsworth (même juste la peinture), son corps entier change. Il devient un "Automatron" et ne fonctionne plus de la même manière. Du coup le jeu ne dois plus comprendre ce qu'est Codsworth après avoir retiré et remis les fichiers liés à Automatron.
Et puis désinstaller un DLC ou gros MOD comme ça en milieu de partie (même pour réinstaller) c'est très risqué.
Dans l'idéal tu aurais du reprendre une ancienne sauvegarde avant d'avoir commencé Automatron... Puis jouer un peu et sauvegarder, avant de désinstaller et réinstaller le DLC.
Maintenant, tu peux toujours essayer de reprendre une ancienne sauvegarde avant d'avoir essayé Automatron et modifié Codsworth, mais la réussite est non garantie.