Bonjour 
Voici un petit article datant de Septembre 2014 sur le site officiel de Unity : http://blogs.unity3d.com/2014/09/03/documentation-unity-scripting-languages-and-you/ (Unity Script = Javascript).
De mon point de vue, je te conseillerais le C# mais je ne suis pas objective. Tout ce qui commence par "Java" m'a toujours donné des crises d'urticaire sans raison particulière (peut-être à cause de la synthaxe, ou alors c'est parce que j'ai horreur du développement web).
Je te conseille sinon d'essayer les deux, et de voir avec lequel tu te sens le mieux
Evite par contre d'utiliser les 2 langages dans un même projet, ça peut parfois causer des problèmes de performance/compatibilité.