Je ne pense pas qu'il existe un outil "Pokemon Maker 3D", cependant tu peux utiliser Unity, Unreal Engine ou un autre moteur de jeu 3D.
Ensuite fait attention à la Licences. Si ça reste un projet de fan il ne devrait pas trop y avoir de problème, mais si le jeu vas plus loin il faudra se pencher sur la question.
Quelqu'un a demandé sur ce forum pour trouver des modèles 3D disponibles en lignes il y a quelques jours et à trouvé une réponse.
En passant, après avoir vue quelques images sur google, j'ai remarqué que les images des Pokémons en combat semble être une image 3D à la base, mais retravaillé en 2D pour y ajouter des effets esthétiques comme les traits de contour qui ne sont présent que sur eux et absent dans le reste du jeu.
Donc même si l'aspect final semble en 3D, ça peut en réalité être de la 2D réalisé avec un moteur 3D vue une caméra fixe.