Hello !
Je pense que ça dépend surtout du format des animations
Si les animations sont sur une spritesheet et changent seulement le sprite à chaque frame, alors on refait les animations pour l'armure, même si en général c'est dans ces cas là ou on ne change pas l'apparence du personnage.
Les animations peuvent aussi être décrites par des transformations.
Une transformation est une rotation, une translation ou un changement de taille (scale, je trouve pas de mot sur le coup en français ^^).
Dans une animation, on définit la transformation de différents sprites à des points clés, les keyframes.
C'est par exemple le type d'animation utilisé dans Rayman. La vidéo de présentation de Spine, un logiciel de présentation, peut aider à illustrer le principe: http://fr.esotericsoftware.com/ .
Dans ce type d'animation, on découpe les différentes parties des personnages en différents sprites qui subissent des transformations, ce qui permet d'ajouter par exemple un sprite casque dans lequel on décide en jeu qu'il aura les mêmes transformations que le sprite tête du personnage, qui lui est animé. On peut donc dans ce cas là mettre des armures aux personnages sans changer les animations.
J'espère que ma deuxième partie est assez claire ^^