J'ai constaté le même souci en construisant ma première maison. Il y a deux solutions : soit tu poses des murs pour combler les vides, mais du coup tu auras les morceaux des murs qui dépasseront, mais c'est ça ou rien. Soit tu poses un plafond avant de mettre un toit, tu auras toujours les vides mais au moins ta maison sera fermée.
Ou bien, dernière solution : tu mets pas de toi mais seulement un plafond.